В 2002 году С.Л. Гусева награждена Почетной грамотой Управления здравоохранения г. Самара; в 2004 году - Почетной грамотой Администрации Промышленного района г. Самара; в 2005 году - Почетной грамотой Министерства здравоохранения Российской Федерации; в 2007 году - Почетной грамотой Администрации Промышленного района г. Самара, Благодарностью министра здравоохранения Самарской области. 

В 2008 году на Всероссийском конкурсе деловых женщин «Успех – 2008» за участие в реализации Приоритетного национального проекта "Здоровье" удостоена высшей награды «Золотая птица». Приказом Министерства здравоохранения и социального развития Российской Федерации награждена нагрудным знаком «Отличник здравоохранения», Почетной грамотой Министерства здравоохранения и социального развития Самарской области, отмечена Благодарственным письмом Главы г. Самара.

В 2010 году награждена Почетной грамотой Самарской областной организации профсоюза работников здравоохранения Российской Федерации; в 2011 году - Почетной грамотой Департамента здравоохранения Администрации г. о. Самара; в 2012 году - Почетной грамотой Губернатора Самарской области и Почетной грамотой Департамента здравоохранения администрации г. о. Самара, отмечена Благодарностью Самарской губернской Думы.

В 2014 году награждена Почетной грамотой Думы городского округа Самара.